Das 15. und 16. Jahrhundert brachten einen gewissen Wohlstand, Zülpicher Kaufleute waren auf auswärtigen Messen zu finden, mehrere Zunftbruderschaften lassen auf eine Vielzahl von Handwerksberieben schließen, doch die Lebensgrundlage des Ackerbürgerstädtchens war der reiche Ertrag des Bodens.
Die fast ununterbrochenen Kriege des folgenden Jahrhunderts machten dieser relativ guten Zeit ein Ende. Was die Kriegshorden nicht zerstört hatten, fiel verheerenden Stadtbränden zum Opfer, und die Pest dezimierte die Einwohnerzahl erheblich.

Als 1648 ein kurfürstlicher Beamter eine Sonderabgabe erheben wollte, führte man ihm bei einem Gang durch die Stadt die Spuren der Zerstörung vor Augen. Daraufhin wurden auf mehrere Jahre Steuernachlässe gewährt. 1725 wurde anstelle des mehrfach durch Brände beschädigten Rathauses ein Neubau errichtet, dessen Turm zu den Wahrzeichen der Stadt gehört.

Trotz des mit dem wirtschaftlichen Niedergang verbundenen Bedeutungsverlustes blieb Zülpich ein regionales Zentrum. Zur Zeit der französischen Herrschaft wurde es Hauptort des Kanton Zülpich, der annähernd dem Altkreis Euskirchen entsprach. Hatte der Chlodwig-Mythos der Stadt während dieser Zeit einen gewissen Glanz verliehen, so verblaßt dieser unter preußischer Herrschaft schnell.

Die massiv einsetzende Industrialisierung führte dazu, dass Euskirchen dank seiner günstigeren Voraussungen innerhalb kurzer Zeit zum zentralen Ort der region aufstieg und als Kreisstadt die wichtigsten Behörde, Schulen etc. an sich zog.

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