Die Folgezeit ist geprägt durch die fehden zwischen den Erzbischöfen von Köln und den Grafen von Jülich, die vom 12. bis 14. Jahrhundert immer wieder aufflammt.
Nach 1269 "sterckte der Bischoff dat stettgin Zulpge ind buwede dair eyn starck Sloß up sent Peters erve", wie es in der Koehlhoffschen Chronik heißt.

Zur gleichen Zeit, um 1285, ließ der Erzbischof die Einwohner des Dorfes Mersburden in die nunmehr ummauerte Stadt umsiedeln, ihre Kirhe abbrechen und innerhalb der Stadtmauer neu errichten, die Martinskirche. Die Burg wurde vom Grafen in Jülich zerstört, der dort eine neue errichten ließ. Schließlich wurde Zülpich eine kurkölnische Stadt, die als Enklave im herzogtum Jülich lag, und Erzbischof Friedrich von Saarwerden gab der Burg ihre heutige Gestalt. Der Platz, auf dem die Burg steht, war schon von den Römern befestigt worden, die Franken hatten hier eine Königspfalz, und vermutlich hat auch das in den Quellen genannte "bischöfliche Haus" an dieser Stelle gestanden. Erzbischof Anno II. schenkte es 1121 mitsamt der Pfarrkirche St. Peter der Benediktienerabtei Siegburg zur Errichtung einer Propstei, die später in das Gebäude verlegt wurde, das heute Bestandteil des Neubaus des Museums der Badekultur, Römerthermen Zülpich, ist.

Auch die Stadtmauer mit ihren vier Toren entsstand in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts und gab der Stadt ihre bis heute erhaltene charaktristische Gestalt. Seit dieser Zeit ist Zülpich zweifelsfrei als Stadt zu betrachten. Mit der Stadtbefestigung und einem selbständigen Gericht besaß es die Voraussetzung für diesen Status. Wie alle "gewachsenen Städte" besitzt Zülpich keine Urkunde seiner Stadtwerdung, weil es bereits "von alters her" als Stadt galt, was in dem großen Stadtsiegel mit der selbstbewußten Umschrift SIGILLUM NOBILIS TULPETUM zum Ausdruck kommt. Neben den schon erwähnten Pfarreien St. Peter und St. Martin gab es in Zülpich noch eine dritte Pfarrei, St. Marien, zwischen Käsmarkt und Weiertor. Ihr Sprengel war identisch mit dem Bezirk des Palenzer Gerichts, die Pfarrei St. Martin entsprach dem Bereich des Mersburdener gerichts, und das eigentliche Stadtgericht umfaßt mit dem Pfarrbezirk von St. Peter den größten Teil der Stadt. Diese außerordentlich kompliziertenn Verhältnisse, die hier nicht näher erläutert werden können, sind nur aus der langen und wechselvollen Geschichte der Stadt Zülpich zu verstehen.